Действительно, секретность одна из самых больших проблем при проектировании инженерных ГИС, и не только водопровод, но и тепло и газо-снабжение. Зачастую тут 2 пути решения.
1 - Все работы и разработка проводятся на территории предприятия под постоянным надзором отдела 2. Это не очень приятно, не очень удобно, увеличивает время разработки, увеличивает сложности, а так же там нет интернета.
2 - Условный масштаб с смещением по плоскости (у каждого региона, отдел 2 выбирает свой коэффициент смещения.) в результате, отрисованная карта фактически может отображать положение Вашего города посреди тихого океана, так ещё и с различным смещением. После, когда проект полностью готов, на финальном этапе тестирования, когда вы сверяете математические расчёты с реальными данными (монометрические замеры, давление на всасе и прочее) Вы переносите всю систему заказчику, и уже там, переводите её в обратном порядке к реальным координатам. (менее затратно, но могут быть проблемы с трансформацией датумов)
Есть ещё 3-ий и самый сложный вариант, весь отдел ГИС и ваша фирма разработчик получаете доступ к гостайне (невыездные на 5 лет, отдельный кабинет с замком и ответсвенным за информацию) в случае утечки, садитесь на сухари.