Система ZuluGIS имеет гибкую настройку параметров и интерфейса. Пользователь имеет возможность самостоятельно настроить, какие окна и панели будут отражаться на экране, какие кнопки будут видны, а также сделать привязку кнопок к макросам, добавить макрос в меню, указать папки для хранения файлов и кэша и т.д.

Также в системе можно настроить интерфейс на разные языки.